Die Dauerausstellung des Museums präsentiert in den elf Ausstellungsräumen mit den authentischen Ausstellungobjekten, den Informationsbroschüren und den Multimedia-Stationen die vielfältigen Ansichten der byzantinischen und nachbyzantinischen Kultur. Das Museum verfügt über gut organisierte Restaurierungswerkstätte, vorbildliche Lagerräume, Ausbildungsräume, Sonderausstellungshallen, Mehrzweckräume, zwei Aulen, ein Geschäft und ein Café und Restaurant.
Es wird in einem unter Denkmalschutz gestellten Gebäude beherbergt, das ein wirkliches Kunstwerk ist und das 1989 – 1993 errichtet und vom Architekten und Maler Kyriakos Krokos entworfen wurde. Das Museum wurde 2005 als das „Museum von Europa“ ausgezeichnet (auf einstimmigen Vorschlag des Ausschusses für Kultur, Wissenschaften und Bildung des Europäischen Parlaments). Es handelt sich eigentlich um eine Auszeichnung, die zum ersten Mal einem griechischen öffentlichen Museum verliehen wurde.