מנזר בלב העיר הוא לא משהו שנתקלים בו לעתים קרובות מדי. זה לא המקרה של מנזר אגיה תאודורה, נווה מדבר של שלווה ממש בתוך הנוף האורבני הרועש. בתחילה הוקדש אגיוס סטפנוס, לשהיד הנוצרי הראשון. בשנת 1430, לאחר נפילת קונסטנטינופול, הוא לא הפך למסגד, והיה גם אחד המנזרים הבודדים שמעולם לא הפכו למסגד גם לאחר נפילת סלוניקי. מאז המאה ה-18 המנזר הפך לכנסיית קהילה.
השריפה של 1917 הובילה להסחת הדעת המלאה של הקתוליקון של המנזר מלבד מגדל הפעמונים. המקדש החדש הוקם ממש ליד הישן, ובו הקתוליקון שלו מכיל את שריד האורות הזורם של אגיה תיאודורה.
מאז 1974 זהו מנזר גברי, בעוד שבשנת 1989 הוקם במרכזו ללימודי אגיולוגיה של הביוסמה הקדושה סלוניקי. הוא תומך גם בפנסיון אגיוס אנטוניוס באמצעים משלו ובסדרת פרסומי ספרים.