Основой коллекций и выставок музея является коллекция Георгия Костаки — советского коллекционера греческого происхождения, которая состоит из 1.277 произведений искусства (картины, эскизы, конструкции, фарфор и т.д.) самых известных художников русского авангарда (первые десятилетия ХХ века: К. Малевич, Л. Попова, Г. Клуцис, А. Родченко, И. Клюн и др.). Наряду с этим музей располагает и замечательной коллекцией произведений современных художников.
За время своей работы Государственный музей современного искусства (КМСТ) организовал крупные выставки, а также развил сотрудничество со многими современными художественными музеями Греции и зарубежья. Деятельность музея, среди прочего, включает в себя издание специальных каталогов, организацию международных научных конференций и акций образовательного характера, а также Биеннале современного искусства в Салониках, проводимую с 2007 года при содействии многих учреждений культуры.
Выставки КМСТ — временные. Музей частично доступен для людей с ограниченными возможностями.
