Συγκεντρωμένη σε έντεκα αίθουσες, η μόνιμη έκθεση του Μουσείου, παρουσιάζει μέσα από αυθεντικά εκθέματα, εποπτικό υλικό και πολυμέσα, ποικίλες εκφάνσεις του βυζαντινού και μεταβυζαντινού πολιτισμού. Το Μουσείο διαθέτει άρτια οργανωμένα εργαστήρια συντήρησης και πρότυπες αρχαιολογικές αποθήκες, αίθουσα εκπαιδευτικών προγραμμάτων, πτέρυγα περιοδικών εκθέσεων, αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, δύο αμφιθέατρα, πωλητήριο και καφέ-εστιατόριο.
Στεγάζεται σε ένα κτίριο, ιστορικό διατηρητέο μνημείο και έργο τέχνης, που οικοδομήθηκε μεταξύ των ετών 1989 – 1993 με βάση τη βραβευμένη μελέτη του αρχιτέκτονα και ζωγράφου Κυριάκου Κρόκου. Βραβεύτηκε το 2005 ως το «Μουσείο της Ευρώπης» (μετά από ομόφωνη εισήγηση της Επιτροπής Πολιτισμού, Επιστημών και Εκπαίδευσης του Συμβουλίου της Ευρώπης), τιμή, η οποία αποδόθηκε σε ελληνικό δημόσιο μουσείο για πρώτη φορά.
