Μια Μονή στην καρδιά της πόλη δεν είναι κάτι που συναντούμε συχνά, όμως αυτό συμβαίνει στην περίπτωση της Ιεράς Μονής Αγίας Θεοδώρας, που αποτελεί μια όαση ηρεμίας μέσα στο πολύβουο αστικό κέντρο. Αρχικά ήταν αφιερωμένη στο όνομα του πρωτομάρτυρα Στέφανου. Το 1430 με την άλωση της Θεσσαλονίκης, η Μονή δεν μετατράπηκε σε τζαμί. Ήταν μάλιστα ένα από τα ελάχιστα μοναστήρια που συνέχισαν τη λειτουργία τους και μετά την άλωση της Θεσσαλονίκης. Το 18ο αιώνα σταμάτησε να λειτουργεί ως Μονή και λειτουργούσε πλέον ως ενοριακός ναός.
Η πυρκαγιά του 1917 κατέστρεψε ολοκληρωτικά το καθολικό της Μονής εκτός από το κωδωνοστάσιο. Ο νέος ναός κτίστηκε το 1935 δίπλα στον κατεστραμμένο και στο καθολικό της φυλάσσεται το μυρόβλητο λείψανο της Αγίας Θεοδώρας.
Από το 1974 λειτουργεί ως ανδρική μονή, ενώ το 1989 ιδρύεται στο χώρο της το Κέντρο Αγιολογικών Μελετών της Ιεράς Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης. Η Μονή συντηρεί με δικούς της πόρους το οικοτροφείο
του Αγίου Αντωνίου και προβαίνει σε εκδόσεις βιβλίων.
