Las 11 galerías de la exposición permanente muestran las diferentes visiones de la cultura bizantina y posbizantina, a través de artefactos auténticos, material audiovisual y pantallas táctiles. El Museo cuenta con varios talleres de conservación y almacenes arqueológicos, ambos totalmente equipados, además de una sala de conferencias, un ala para exposiciones temporales, una sala polivalente, dos anfiteatros, una tienda del museo y un café-restaurante.
Se encuentra en un edificio histórico, considerado como una “obra de arte”, construido entre los años 1989-1993 sobre los diseños premiados del arquitecto y pintor Kyriakos Krokos. Por primera vez en la historia de un museo público griego, el Museo de la Cultura Bizantina ha sido galardonado con el Premio de Museo del Consejo de Europa del año 2005, tras la decisión unánime del Comité de Cultura, Ciencia y Educación del Consejo de Europa. .
